ملاصدرا بنيانگذار فلسفه جديد ايرانى است همان گونه که صفويه بنيانگذار ايران جديد است. پس بايد به رابطه ملاصدرا با سلسله صفويه، همانند رابطه معرفت با ساختار نگريسته شود که انسان‌شناختى و جامعه‌شناختى معرفت مى‌تواند به آن بپردازد و سير تاريخى و فرهنگى معرفتى ايران جديد را استخراج کند. ايران پيش از اسلام، کشورى عرفاني، اشراقى و توحيدى بود که در جنگ مقابل يونان و روم فلسفى مادى و شرک‌آلود قد علم کرد و جنگ‌هاى ايران با يونان و روم، در پناه اين جنگ معرفتى شکل مى‌گرفت و پس از ورود اسلام، اسلام سعى در يافتن جهان اطراف خود در پناه اسلام داشت؛ به عبارت ديگر، عرفان ايراني، معرفتى است که در ساختار دامپرورى ايرانى پيش از اسلام، پرورش مى‌يابد؛ ولى فلسفه شرک‌آلود يونانى و رومي، در ساختار اقتصاد تجارى شهرى آنها رواج مى‌يابد و ايران پس از اسلام، به دنبال يافتن جهان در پناه جهان پديدارى اسلامى است. ايران پس از اسلام به دنبال يافتن جهان و هضم آن در خود بود که از گستره وسيع جهان پديدارى اسلامى به دست آورده بود پس براى دستيابى معرفتى به يونان و روم تلاش کرد.

با آمدن فلسفه توحيدي، سه حوزه معرفتى رقيب به وجود آمد. فلسفه فقه و عرفان‌ که گاهى رقابت آنها خونين مى‌گشت تا آنکه به دوران صفويه يا دوران وحدت دوباره ايرانى رسيد. دوران صفويه، وحدت معرفتى با تقليل مذهب و فلسفه و عرفان، توسط ملاصدرا صورت گرفت که آن را اسفار نام نهادند که فلسفه براساس سفرهاى عرفاني، تدوين و تفسير شد. مبناى آن هم “اصالت وجود” و “وحدت وجود” به جاى “اصالت ماهيت” و “تکثرگرايى ماهيت” بود که اين به معناى بازسازى معرفت ايرانى پيش از اسلام و پس از اسلام است که از فردوسى آغاز مى‌شود و به شيخ اشراق مى‌رسد و در ملاصدرا کامل مى‌شود. پس هويت فلسفى ايران جديد شکل مى‌گيرد. آنچه بنيان حکمت اسلامى را پس از اسلام تشکيل مى‌دهد، همان بازگشت تکثر به وحدت بود. تا آنجا که آرمان هدف آنها برهان صديقين بود؛ يعنى استدلال وحدت براى اثبات وحدت با اثبات فلسفى خدا به وسيله خود خدا، يا اثبات وجود از وجود (نه موجود) که همان برهان لمى ‌است، در مقابل برهان انى “شهدالله انه لا اله الا هو” و خدايا وجود است که دليل بر ديگران است: “ان الله على کل شيء شهيد”. ملاصدرا وجود را محور تحليل قرار مى‌دهد و همه “فروع فلسفي” خود را بر آن استوار مى‌سازد. در هستى “تشکيک” قائل مى‌شود تا بتواند تکثر موجود را در جهان تحليل کند و تکثر را به وحدت بازگرداند و وجودهاى محدود (ماهيت)، همه معلول وجود بى‌حد (وجود مطلق) هستند پس نخستين نکته‌اى که در مفهوم هستى مطرح مى‌شود، يکى “هستى بخشي” و ديگرى “هستى‌گيري” است. نکته ديگر فلسفه ملاصدرا حرکت است که از دل وجود استخراج مى‌شود. چون پويايى جز ذات مفهوم وجود است، چون سکون عدم است و عدم در وجود راهى ندارد، پس هرچه وجود تشديد شود، حرکت و پويايى زيادتر خواهد شد و به همين دليل حرکت و پويايى يک مقوله وجودى قلمداد مى‌شود؛ مثل مقوله زمان که ميزان‌سنجى پويايى مى‌شود که آن هم مقوله وجودى است که غايت تمامى پويايى‌ها، طلب کمال وجودى از وجود مطلق است. وجود يک مقوله، مفهوم و معقول ثانيه فلسفى است. وجود عام‌ترين مفهومى است که مى‌توان يافت. به همين دليل هر مفهوم ديگر را نيز شامل مى‌شود و حتى مفهوم عدم‌ باتوجه به آن فهم مى‌شود که متناقض آن است. چون عدم قابل فهم نيست و هرگز آن را تجربه نکرد‌ه‌ايم و تنها آنچه تجربه مى‌کنيم، وجود است؛ با تفاضل وجود عدم درک مى‌شود. اوج انتزاع همان قدر که شامل کامل است؛ ولى قدرت تبيينى خود را از دست مى‌دهد؛ يعنى نمى‌تواند مسائل جزئى را توضيح دهد، بلکه تنها کليت آن را توضيح مى‌دهد، به همين دليل از فلسفه ملاصدرا، فلسفه‌‌هاى مضافى مثل فلسفه سياسى استخراج نمى‌شود. آنچه موجب انتزاع فلسفه صدرايى شده است سير انفسى آن عدم نظارت آن بر سير آفاقى است. حال آنکه آيات الهى هم انفسى است و هم آ‌فاقى و تاريخ نيز هم آوردگاه فکرى آنها است: “لقد کان فى قصصهم عبره لا ولى الالباب”. صاحبان عقول، جهان را حاکى و آيه و نشانه خداى واحد مى‌دانند و همه کتاب‌هاى تکوين و تشريع را در اين جهت يکى مى‌دانند:‌”الم تران الله انزل من السماء ماء فسلکه ينابيع فى الارض ثم يخرج به زوعا مختلفا الوانه ثم يهيج فتريه مصغراثم يجعله حطما ان فى ذلک لذکرى لاولى الالباب” و “هوالذى انزل عليک الکتاب منه آيات محکمات هن ام الکتاب و آخر متشابهات فاما الذين فى قلوبهم زيغ فيتبعون ما تشابه منه ابتغاء الفتنه و ابتغاء تاويله و ما يعلم تاويله الا الله و الراسخون فى العلم يقولون امنا به کل من عند ربنا و ما يذکرا لا اولوا الالباب”‌ و “هذا بلاغ للناس و لينذروا به وليعلموا انما هواله و احد و ليذکروا اولوالالباب”. به دلايل ياد شده بايد به جاى مفهوم “هستي” مفهومى اتخاذ کرد که بتواند، جزئيات مذکور را منظم کند پس مى‌توان مفهوم “معني” را معرفى کرد؛ معنى به معناى “مقصود”، “هر شيء” را شامل مى‌شود، چون شيء که از ماده به معناى خواستن گرفته شده، مويد مطلب ياد شده است. شيء يکى از عام‌ترين و شامل‌ترين مفاهيمى است که جزئيات را نيز در بر مى‌گيرد و خدا به عنوان معناى مطلق بر همه معنا حاکم است “ان الله على کل شيء شهيد” و “اولم يکف بر بل انه على کل شيء شهيد”. و همين نکته بر معرفت‌شناسى ما تاثير مى‌گذارد؛ يعنى خدا بين انسان و قلب او واقع مى‌شود: “ان الله يحول بين‌ المرء و قلبه” و بر ديدن او تاثير مى‌گذارد و بصرها و ديده‌ها را درک مى‌کند: “لاتدرکه الابصار و هويدرک الابصار” پس رابطه ‌ما با خدا عظيم‌تر از آن است که با “علت و معلول” کاسته شود و تقليل يابد، بلکه مالکيت مطلق و غيرمحدود است، به همين دليل “انالله و انااليه راجعون”، به معناى ما از خداييم نيست تا علت و معلول فهميده شود، بلکه به معناى مالکيت مطلق است (عدم جدايى ما از خدا اگرچه به صورت اعتبارى که وجود رابطى فهميده شود) مثل اين آيه: “لله ملک السموات والارض و الى الله ترجع الامور”،‌ “و لله ما فى السموات والارض و الى الله ترجع الامور”. به همين دليل خلقت با خلق همراه است؛ بدون باطل “خلق‌الله السموات و الارض بالحق” پس خلقت با هدايت مطرح مى‌شود: “الذى اعطى کل شيء خلقه” و فطرت از اينجا مطرح مى‌شود، “انى وجهت و جهى للذى فطر السموات و الارض حنيفا مسلما و ما انا من المشرکين” و ظاهر و باطن و اول و آخر و غيب و شهادت معنا دار مى‌شود، “هوالاول و الاخر و الظاهر و الباطن و هو بکل شيء عليم”؛ “عالم الغيب و الشهاده الکبير المتعال”.

اين گونه به فلسفه تاريخ و پيشرفت و تمدن‌سازى مبتنى بر آن مى‌رسيم: “سنريهم آياتنا فى‌الافاق و فى‌انفسهم حتى تبيين لهم انه الحق اولم يکف بربک انه على کل شيء شهيد” مى‌توان فلسفه و حکمت‌هاى مضاف را از اين بحث استخراج کرد از اين راه ارتباطات ميان ذهنى و ميان فرهنگى امکان‌پذير است؛ فبشر عبادالذين يستمعون القول فيتبعون احسنه اولئک الذين هديهم الله و اولئک هم اولوالالباب” و اين يافتن جهان در حقيقت و واقعيت خود است؛ بى‌تقليل و کاهش به هستى شناختى يا معرفت‌شناختي.